对于一些经济不发达地区的医院，医疗机构污水处理可能会采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后再逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。

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医疗机构污水处理主要包括以下几种方法：
生物氧化法，也称为活性污泥法。这是各种污水处理较为常用的传统处理方法。利用鼓风曝气、机械曝气等方式，使污水中大量的丝状菌和真菌等微生物繁殖，这些微生物具有吸附和氧化污水中有害物质的能力，从而降低污水的COD和BOD，使污水达到净化的效果。有些污水处理厂采用厌氧和好氧并用的方法，即在厌氧过程中，厌氧微生物繁殖、硝化和吸附水中有害物质。但此方法会产生大量的活性污泥，且要进行污泥处理，加长了处理流程，增加工程费用。常用的生物氧化法有生物接触氧化法、生物转盘法、塔式生物滤池法、射流曝气法和氧化沟法等。
化学药剂法：就是向污水中投人适量的化学药剂，使污水中有害物质氧化，达到凝聚吸附沉淀。常用的化学药剂有液氯和次氯酸钠溶液。液氯的投加设备结构复杂，易被腐蚀，危险性较大，因而在城市或人口过于集中的区域被限制使用；次氯酸钠溶液是一种原始的消毒处理方法之一。